Головною метою функціонування заповідника є: збереження унікальних та типових природних комплексів Поділля, що мають важливе природоохоронне, наукове, естетичне та освітнє значення, а також місць зростання рідкісних та таких, що знаходяться під загрозою зникнення, видів рослин, занесених до Червоної книги України.
Виконання заповідником покладених на нього завдань здійснюється належним чином завдяки злагодженій роботі всіх структурних підрозділів установи. Сьогодні заповідник є важливим науково-дослідним центром по вивченню регіонального біорізноманіття, здійснення екологічної освіти та виховання.
Науковцями ведуться планомірні дослідження видового складу флори і фауни та спостереження за динамікою природних процесів, рідкісними видами у природних умовах та розробка наукових основ їх збереження.
Еколого-освітня діяльність заповідника спрямована на пропагування і популяризацію знань про його природні багатства та природу регіону, який заповідник презентує; на роз’яснення прав і обов’язків громадян щодо природних комплексів; загалом на підвищення екологічної освіченості та екологічної культури населення.
Служба охорони природно-заповідного фонду заповідника здійснює контроль за дотриманням природоохоронного режиму, веде спостереження за станом природних комплексів, здійснює заходи щодо запобігання виникненню, поширенню пожеж, інших надзвичайних ситуацій та їх ліквідації.